現在，周憲章真正成爲了大清國的封疆大吏。在大清國的地方督撫大員中，最爲顯赫的有三個職位：直隸總督、兩江總督和湖廣總督。臺灣和朝鮮原本不設總督，臺灣隸屬於閩浙總督的管轄範圍，朝鮮是一個半獨立王國。而現在，由於周憲章手握大清國最爲強大的軍隊，臺朝總督的地位，與直隸總督不相上下，成爲最爲顯赫的地方大員，其地位，甚至在湖廣總督張之洞之上，僅次於直隸總督榮祿。
周憲章獨霸一方，不管是太后老佛爺還是光緒皇帝，都是如芒刺在背。只有一個人心裡偷着樂。
這個人就是袁世凱！
冬天來了，白雪紛飛，在山西老家賦閒的袁世凱，整天披着蓑衣，在河邊獨釣寒江雪。他心裡明白，周憲章的崛起，使得朝廷越來越離不開他了，用不了多久，朝廷就會請他出山！
到那時候，他要向朝廷提出更多的要求！小站新軍十個鎮，必須要達到章軍的兵力，裝備也不能弱於章軍，否則，朝廷拿什麼與章軍對抗！
袁世凱有十成把握，朝廷會答應他的要求！
到那個時候，制約朝廷的，就不是章軍，而是小站新軍！章軍再強大，也遠在臺灣朝鮮，而小站新軍，就在北京城下！
袁世凱心裡十分清楚，大清國已經到了山窮水盡的地步，現在，到了用實力說話的時候了！
小站新軍雖然丟了馮國璋的一個鎮，但是，王世珍、段祺瑞那些經歷過甲午戰爭的官兵們，心中只有袁世凱，他們早就對朝廷失去了信心，而對袁世凱充滿了希望！只要袁世凱一聲令下，這些人就會跟着他勇往直前！
按下袁世凱不表。
且說，張萌桓向周憲章頒旨畢，盛宣懷又拿出一道朝廷的敕命來，宣佈朝廷對章軍官兵和臺灣地方官員的封賞任命。在這之前，周憲章以總理衙門大臣和湖廣提督的名義，向朝廷上書，保舉臺灣和朝廷兩地地方和軍事官員。朝廷的這倒敕命，基本上就是周憲章上書的翻版，朝廷也明白，到了這個時候，只要周憲章承認大清國朝廷對臺灣和朝鮮的主權，其他的，只能任由周憲章行事。
按照朝廷的敕命，章軍弟兄各有封賞：
洋鬼子漢納根，按律不能獲得實職，賜一品頂戴，雙眼花鈴，賞黃馬褂，賜尚書銜。
劉永福，授臺灣巡撫。
樸永烈，授朝鮮巡撫。
韓令準授平壤總兵，兼安州知府。
羅鳴芳，授臺灣提督。
馮國璋，授朝鮮提督。
清朝管制，提督品級在總督之下，是總督的屬官，但提督與總督的轄區是一致的，周憲章爲臺朝總督，那麼，就應該有一個臺朝提督，總管臺灣、朝鮮的軍事。不過，臺灣和朝鮮相距甚遠，一個提督不便掌控，周憲章打破常規，在兩地分別設置提督，分別掌管兩地的軍隊，朝廷也就聽之任之。
那哈五身份特殊，接替周憲章，授湖廣提督，並授兵部尚書銜，官居一品，這是遙領授職。光緒皇帝對這位皇叔，還是極爲看重，他心裡還指望着那皇叔輔佐他的皇位。
姚喜授副將。
吳佩孚授臺北總兵，加兵部侍郎銜。
張作霖授彰化總兵。
張勳授臺南總兵兼知府。
郭二杆授臺中總兵。
蔡挺幹授海軍提督，領海軍大臣銜。
李國革授澎湖知事，授總兵銜。
丁汝昌原本就是北洋水師的提督，擢升爲海軍提督，授兵部侍郎銜。
此外，盛大年和錢有貴均授戶部侍郎，在臺北效力。丘蓬甲授臺灣布政使，吳彭年授臺北知府，孟儂授彰化知府。其餘章軍官兵，各有封賞，將官升三級，士兵賞銀五百兩，陣亡將士家屬由朝廷撫卹，賞銀一千兩，並免五年賦稅。
周憲章代表章軍官兵領旨謝恩。
其實，章軍官兵和臺朝兩地的官員們，對於朝廷的封賞毫不在意，在臺灣和朝鮮，朝廷的官銜已經沒有什麼實際意義了。周憲章早已任命了兩地的軍政官員，官員們也早已走馬上任。接受朝廷的封賞，其實是給朝廷一個面子。
周憲章在任命各地地方官的同時，對章軍進行了整編。將章軍整編成了兩個軍。章軍設司令部，周憲章自認章軍總司令，羅鳴芳爲副司令，漢納根爲參謀長兼訓練總監，小販出身的錢有貴，因爲前段時間的出色表現，被任命爲章軍司令部情報部部長，負責間諜活動。
臺灣章軍陸軍整編爲第一軍，軍長那哈五，副軍長吳佩孚。第一軍下轄三個師和一個獨立旅，第一師師長吳佩孚兼任，第二師師長佟蔚，第三師師長張作霖。駐琉球的獨立旅，擴編爲章軍第四師，歸第一軍管轄，師長郭二杆。
此外，張勳的直屬旅，仍然爲章軍司令部直屬旅，由周憲章直接調度。周憲章知道，張勳的部隊能打仗，不過，得把張勳這小子看嚴實了，這小子稍稍鬆活一點手腳，就要鬧出點事。
朝鮮章軍陸軍整編爲第二軍，軍長樸永烈，副軍長馮國璋。下轄兩個師，第五師師長韓令準，第六師師長由馮國璋兼任。
章軍設海軍司令部，海軍司令蔡挺幹，副司令丁汝昌。海軍下轄三個艦隊，其中，第一艦隊以鎮遠爲旗艦，以澎湖爲基地，由蔡挺幹直接指揮。第二艦隊以定遠爲旗艦，以基隆爲基地，由丁汝昌指揮。第三艦隊爲朝鮮支隊，程璧光爲艦隊司令，以仁川爲基地。此外，李國革的海軍陸戰隊擴編爲一個師，駐紮在澎湖。
經過整編，章軍陸軍總兵力爲兩個軍，加上司令部直屬部隊，總兵力8萬，大炮五百門。海軍三個艦隊，擁有巡洋艦十二艘，炮艦二十艘，魚雷艇八艘，其他艦船十艘，共有各類艦船四十艘，加上海軍陸戰師八千人，總兵力達到了三萬人。章軍成爲了一支令人望而生畏的力量。周憲章真正成了一方霸主！
同時，在臺北成立武備學堂，周憲章親自擔任校長，羅鳴芳爲常務副校長，漢納根爲教務主任。這座完全西式的軍事學堂，擔負着爲章軍提供後備人才的任務。周憲章規定，章軍營、連、排軍官，全部都要到武備學堂受訓，這些軍官大部分是打出來的，臨戰經驗是有的，理論知識嚴重不足，經過訓練，戰術意識大爲提升。
周憲章的老朋友，德國人艾德，受邀來到臺北，擔任臺北武備學堂的總教習。艾德把他的德國同行都帶了來。臺北武備學堂人才濟濟。