西班牙殖民墨西哥近半個世界，1564年新西班牙總督路易斯·德貝拉斯科指派米格爾·洛佩斯·德萊加斯皮前往菲律賓拓殖民。
探險隊在征服者萊加斯皮（又稱黎牙實比、黎牙實備）帶領下率五艘船從墨西哥阿卡普爾科港出發，橫渡太平洋，於1565年2月13日抵達宿務，在宿務建立西班牙殖民據點。
萊加斯皮從當地人口中得知有關呂宋島的富饒資源後，派遣兩名海軍上校馬丁·德戈伊蒂和胡安·德薩爾塞多到米沙鄢羣島以北進行探險，但是沒有成功。
1571年4月，萊加斯皮親率230名遠征隊殺向馬尼拉。土著摩洛人建立的呂宋國統治內部分爲主戰、主和兩派，主戰派羅闍（王）蘇萊曼率兵迎戰，羅闍蘇萊曼中炮戰死。
主和派以羅闍（王）馬坦達則與萊加斯皮簽訂和平條約，戰敗的呂宋國被迫將馬尼拉讓給西班牙殖民者北遷。西班牙人陸續攻佔呂宋島其他地方，1572年，殖民者萊加斯皮病死在馬尼拉。
1571年6月24日，萊加斯皮宣佈馬尼拉爲西班牙東印度羣島的新首都。萊加斯皮的成就令當時的西班牙國王菲利普二世（又稱腓力二世）感到喜悅，賜予馬尼拉紋章和宣佈馬尼拉爲‘永遠忠貞與高貴之城’。
萊加斯皮將馬尼拉城設計呈星形要塞，佔地64公頃的西班牙王城被2.44米（8尺）厚，6.7米（22尺）高的石牆包圍着。
明萬曆二年（1574年），就在西班牙殖民者忙着殖民呂宋修建馬尼拉王城之時，大明朝廷在張居正主政下卻在忙着調集東南沿海大軍圍剿潮州爆發的較大規模海上武裝造反。
廣東文武貪污腐化嚴重，貪官當道，勾結倭寇，魚肉百姓，潮州府一帶人口稠密，明廷嚴令規定片板不得下海，敢於拼闖的潮州百姓爲了生存冒死下海者數以千萬，亦盜亦民。
饒平縣山賊木棉寨副寨主張璉起先過着劫富濟貧的日子，看不慣貪官污吏禍害百姓，憤而下山，揭杆而起。與大埔鄭八、蕭晚組織白扇會起義。
嘉靖三十九年（公元1560年）五月，張璉起義後在柏嵩關稱帝，自稱飛龍人主，國號飛龍，開科署官，封羅袍等爲王。飛龍軍接連攻佔攻佔潮州、漳州、汀州、贛州大部分地方。
嘉靖四十一年（公元1562年）二月，明廷傳旨三省調精兵征討。兩廣巡撫張臬，平江伯陳圭應旨調集三省兵力共七萬六千多人圍剿。張璉於次年戰敗，率飛龍國殘餘部衆逃往南洋舊港一帶立國於海外。
張璉領導的飛龍起義被明廷鎮壓下去，潮州一帶並未就此安寧，以吳平爲首的海盜團伙也在迅速崛起，吳平並不太出名，但手下侄女婿林阿鳳、曾一本、林道乾都是攪動大明東南及稱雄南洋的著名海盜。
帶頭大哥吳平被明軍幹掉後，海盜團伙開始散夥，林阿鳳、曾一本各自率部分海盜繼續幹老本行，林道乾、朱良寶等率三千人歸降明朝廣東地方官府。
曾一本迅速發展壯大，開始在潮州、雷州及瓊州等多地活動。曾一本向潮州官府短暫請降，又因爲朝廷效力沒法活下去，旋即復叛，攻下澄海縣抓走知縣，攻掠潮州。進而侵擾廣州府東莞，突襲雷州，大敗明軍，圍攻澳門、廣州城。
曾一本縱橫廣東沿海一時，最終在明朝廣東文武聯合海商、澳門葡萄牙人，調集歸順的林道乾等大軍擊敗，曾一本被生擒病死。
歸降的林道乾被安置於潮陽招收部下尾村，曾一本敗亡，林道乾見大明朝廷並不信任自己，開始準備收拾自己。林道乾侄兒林茂，先在彭亨國爲都夷使，修書約林道乾至彭亨國。
萬曆元年（1573）三月，大明朝廷派總兵張元勳圍攻林道乾，林道乾率衆突圍後逃亡南洋真臘國（柬埔寨），明朝官軍謊稱林道乾投水而死。
林阿鳳也沒閒着，隆慶元年（1567年）率部攻佔惠來縣神泉港。萬曆元年（1573年）屯南澳島的錢澳，十二月進攻澄海，大敗官兵。林阿鳳以澎湖爲基地，開拓海上貿易，最盛時轄艦300餘艘，人員4萬以上。
萬曆二年（1574年）二月，林阿鳳攻打潮州、惠來，四月攻入瓊州府清瀾，六月在廣東兵敗，退至福建沿海，十月遭福建總兵胡守仁率軍襲擊，轉移到東番雞籠（基隆）駐紮。
十一月，林阿鳳再次率部衆先後進攻潮陽踏頭埠、饒平縣柘林、惠來縣靖海、陸豐縣碣石等廣東沿海港埠。明朝被迫集中水陸主力圍剿林鳳。
林阿鳳以南澳島爲根據地，相持不下，後曾修書議和求撫，廣東總兵殷正茂不予接納。林阿鳳被迫再次逃往東番魍港，林阿鳳見曾一本敗亡、林道乾遁逃南洋，自知與大明爲敵是死路一條。
林阿鳳敗逃到東番魍港後將目光投向剛被西班牙人佔領後不久的呂宋國。萬曆二年（1574年）冬，林阿鳳率戰船六十二艘，部衆兩千以及婦女一千五百人，以日本人莊公爲先鋒向呂宋西班牙殖民者發起進攻。
林阿鳳率部攻佔密雁（米岸），險些活捉撒施洛，直奔向馬尼拉殺來，莊公率先鋒人馬連夜進攻遇上風暴損失兩百人。莊公繼續帶領其餘先鋒在馬尼拉南八里的巴拉維克登陸，於次日凌晨殺到馬尼拉。
被西班牙人擊敗統治的當地土著摩洛人以爲是漢人取得了勝利，迅速在馬尼拉附近集結近萬人，開始準備對西班牙殖民者發起進攻。
十二月十三日，林阿鳳發動第二次進攻，命莊公率一千五百人分兵三路進攻，林阿鳳指揮戰船在馬尼拉港外發炮助攻。但由於西班牙殖民者加強城垣和增加援兵，莊公強攻也未能攻下。
林阿鳳又增派五百援兵，依舊未能攻下，莊公戰死，林阿鳳被迫無功而退。當地土著摩洛人聞風紛紛擊殺西班牙傳教士以及商人兵士等，準備策應林阿鳳，卻不料林阿鳳失敗後迅速撤退。