魏忠賢和孫傳庭一起退出，出了門口魏忠賢道：“孫欽差辛苦了，關於京營的事要怎麼做，還要請欽差示下。”
孫傳庭嚇了一跳，以爲自己得罪了他，但看他樣子又不象呀？連忙行禮道：“廠督言重了，都是爲陛下效勞，不敢道辛苦，倒是廠督既要提督東廠，又要照顧皇上，纔是真的辛苦。”
魏忠賢笑得眉毛都跳了起來：“本督是皇上家奴，忠心皇上那是本分。請欽差和本督一起來詳細說說吧。”心想，這人不錯，以後可以好好交往。於是權閹和屠夫的第一次合作在談笑風生中開始了。
五天後，各處退回京營兵卒共三萬三千人。魏忠賢共抓了五個大太監，王濤以下共二十三個將領打入大牢，要他們將歷年貪污的空餉全部交出來，公候倒是沒有抓，但是他把張有功，張有德，張有業給閹了。孫傳庭和魯欽將所有兵將篩選一遍，不合格的老弱全部給清退出去，共得到青壯兩萬三千人，可見各處私用的大都是青壯兵卒。
二人將結果報告上去，朱由校問道：“爲什麼要將三個張家的人閹掉？”魏忠賢想，不是皇上自己說的要讓他們變成張沒有呀，難道自己理解錯了？於是答道：“這三個人目無軍紀，自由散漫之極，不如此嚴懲，不足以警示後面的人呀。”
“哦，那這次就算了，以後不準隨便行腐刑。那清退的老弱每個給了多少錢呀？”
孫傳庭回答：“宣皇上厚恩，每人二兩銀子。”
朱由校笑了：“二兩銀子還是厚恩？這些人辛苦多年，二兩銀子就打發了，不顯得朕太薄情了嗎！傳朕旨意，從軍官繳還的軍餉中拿錢，每人二十兩，要廣爲宣傳，發到每一個軍士手中，東廠給我監督，如果有人伸手，就斷了他的手。”
“至於選出來的青壯兩萬三千人，就由魯遊擊和周把總先領着，對了，魯欽升爲參將，周遇吉升爲遊擊，先給朕淘汰掉一部分油滑的，身體素質不合要求的，然後再來練兵。”
“陛下，臣剛升爲參將，只怕不能帶如此多的兵將，請陛下另擇賢能，微臣願協助練兵。”
魯欽才由遊擊升參將，要他帶這麼多兵，確實難以讓人聽命，那要找誰呢？又要有能力又要值得信任，這個人不好找，想了一想，卻想起了兩個人。
“傳旨，駙馬都尉之子楊光夔着升爲京營提督，總理京營練兵事宜，楊光皋，魯欽爲京營協理，周遇吉爲軍法協理，共同協助提督練兵。”
將楊光夔兄弟倆傳了進來，吩咐道：“你們只是練兵，按照《紀效新書》練兵是沒有問題的，楊光皋你協助的是軍紀方面，首先要讓兵卒都能背會並理解軍紀，然後還要讓他們明白，他們是爲什麼而戰。這些《紀效新書》中都有詳細記載，先照着裡面的做吧。魯欽你協助的是軍隊戰力方面，你們現在讓士兵先都只練短槍，就是原來的神機營也只練短槍，朕已經讓兵仗局準備好了，至於槍法朕有一個手下很精通，他會成爲軍營教官。如果他告訴你們兵卒短槍都練得差不多了，那就再練火銃，每個人都要練好兩種武器。周遇吉你負責制定操典條例，每個人應該如何做，如何行軍，如何操練，遇到問題如何應對，包括如何吃飯，上茅房，都要有操典可依，這事很重要，你一定要用心。朕會在一段時間後來檢閱，希望你們不會讓朕失望。”
四人一起拜倒，朱由校叫來晦明：“大師說過你的槍法只適合於戰陣，朕任命大師爲京營總教頭，只需要教授槍中刺法，其它不用。並請大師去信少林寺中，邀請寺中精於技擊的大師來京營同爲教官。”
晦明合手行禮，回去修書召人。然後隨楊提督一起來到了軍營。
至於孫傳庭的安排，《大明劫》裡面的故事好象是發生在陝西，李自成他們好象也是在陝西舉事的，這個地方需要好好注意下，朱由校又問了徐光啓，知道陝西最窮的地方是延安府。於是皇帝下旨：孫傳庭升任延安府知府。因爲孫傳庭當過欽差，且任過兵部員外郎，所以這個任命倒是沒有任何問題。
孫傳庭辭陛時，朱由校對他面授機宜：“孫卿，這次派你去陝西，主要任務是清理軍屯，推廣高產作物，你在三年之內如果能讓延安府各地都種上紅薯和馬鈴薯，那陝西各地的糧食問題就解決了，朕不管你用什麼方法，總之要得到可用之兵，並能產出供應軍隊的糧食。朕會要司苑局給你配上一些老農，還有司苑局的栽種資料。一個人不可能什麼都懂，所以你要用好這些人和東西，給他們便利條件，不要干涉他們的具體事務，朕期待一個富足的延安府，更期待一個富足的陝西，希望孫卿不會讓朕失望。”
這話孫傳庭當然聽得懂，他跪在地上，向皇帝保證會在三年內將延安府變成陝西最富足的府治，以報皇上重恩。
朱由校讓王體乾帶孫傳庭去司苑局挑選帶去的技術人員。孫傳庭仔細看了司苑局的規章條例和紅薯馬鈴薯的具體產量後，讓王體乾幫忙挑選了一些老農，還要求將制定規章的小太監也要挑幾個，老農倒是沒有問題，但太監的事王體乾不能作主，又回來請示皇帝。
朱由校聽了笑道：“看來這個孫傳庭倒是個做實事的人，這樣朕就放心了，你就挑幾個小太監，以監察的名義駐在延安府吧，要孫傳庭另派人仔細學習好後再送回來。你派人去做吧，朕還有事找你。”
朱由校拿起桌上的奏章又嘆了口氣，這是徐光啓的奏章，他倒是很有分寸，要他推薦人才，只推薦了李之藻和楊廷筠兩個，而這兩個人是全才，唯有不通軍事。人才難得呀，特別是軍事人才，總不能老是讓文官帶兵，這樣自己想要改變文貴武賤的局面就不容易了。