而戶部這時已經將天啓三年京師的收成情況統計清楚了，統計資料分兩份，一份存於戶部，一份存於當地官府中，其它地方的還在統計中。
減租首先在京師順天府進行試推行。朝廷規定以天啓三年的收成爲準，每年的地租爲四成，如果遇到災年，地方官府可以督促地主根據收成情況來進一步減租。
這樣的地租看起來是比例地租，但以天啓三年的收成爲標準後，就變成了定量地租。而隨着農業技術的推廣，畝產量顯然是會不斷增加的，這樣實際上地租所佔的比例會持續減少，增加了佃戶的所得。
之所以會定爲四成，是因爲朱由校想到了臺灣的三七五減租，在這基礎上加了二點五個點，是想讓地主更容易接受一些。但他想錯了，除了部分地主外，大部分地主都不願意接受這個地租。
原本的地租都是五成，而且災年也是一樣的按平常年景來收租的，現在一下子減少到了四成，這一成的損失地主都不願意自己承擔。而且天啓三年的收成本來就較少，這讓地主們更加不滿。
據初步統計，願意執行朝廷的地租只佔了地主的一成多一點點，這還是有些官員做了很多工作才取得的成績。而那些不願意執行的地主，反而把已經租給佃戶的田地也揚言明年要收回來，就是五成也不願意再租，以示與朝廷對抗的決心。
一時朝廷與地主之間勢如水火。負責地租定額的是戶部尚書畢自嚴，監督執行的是楊漣。兩人急得嘴角都起了泡，帶着人去勸一個個地主，卻基本上沒有作用。
兩人只好將情況上報，朱由校下令，將順天府所有的公田以三成的地租租給佃戶耕種。順天府有大量的皇家田莊，朱由校將這些田莊一起拿出來，租給失地的佃戶，而信王也拿出自己的兩處田莊，客氏拿出兩處田莊，魏忠賢拿出兩處田莊，也象公田一樣，以三成的租率租給佃戶。
順天府的公田及朱由校等人拿出的田莊一共有大約十八萬頃，按每戶五十畝計算，可以接納共三十六萬多戶，這消息一放出，地主才慌了神，順天府雖然是京師腹地，但一共能有多少農戶呢？如果大家都去了公田或者皇莊，哪裡還能有多少人來栽種他們的田地呢？
其實他們的擔心有些多餘，因爲耕種公田的話，很多農戶都需要搬家，而且原來的公田特別是皇莊本來就有一些人在耕種，能容納的數量其實很有限。但由於移民在不但地遷移到臺灣和遼東，本來就造成了一種地將沒有人耕種的態勢，嚇住了地主們。
而田如果不租出去，地主自己是沒辦法耕種這些田地的，而賦稅還是一樣要交，這樣的虧本生意地主當然不會去做。揚言不再租地出去不過是想要讓朝廷收回減租令，不想卻遭遇到地真的可能無人耕種的情況。
地主終於在這雙重打擊下服軟了，大量地主宣佈按照朝廷的規定確定了地租，將田地租給佃戶耕種。這是一個皆大歡喜的局面，朱由校的恐嚇政策取得了極好的效果，而地主則抱着只少一成的想法避免了落入田地無人耕種的窘迫境地，而最大的受益者則是佃戶，減少了一成的地租，在災年還可以由朝廷與地主商量減租。
而農業合作社首先在順天府開始運營。按照縣的大小，每個縣設立了數目不等的農業合作社。合作社出售農具，種子，種禽，豬仔，食鹽，並且提供低息貸款業務，並且收購農戶所有的產品包括雞蛋。
皇帝下詔，正式廢除了開中法。鹽引不再發出，已經發出的鹽引必須在三個月內於各鹽場登記完畢，逾期不再承認。
而鹽場按照鹽引，以一斤鹽四十個銅幣的價格批發給鹽商，並規定鹽商只能以不高於六十個銅幣的價格零售。這已經大大降低了食鹽的價格了，因爲原來的食鹽價格，在湖廣江西一帶少的時候是一分二錢銀，多的時候是三分到四分，相當於一百二十個銅幣到四百個銅幣。
而鹽引總有用完的時候，到時不用鹽引批發食鹽的價格將是五十個銅幣，而農業合作社則是以一斤鹽二十個銅幣的價格批發得到食鹽，然後以五十個銅幣的價格賣給住戶，鹽商想賣高價也不會有人買，等到農業合作社開遍全國後，鹽商就會消失，或者只能去開辦鹽場了。
而天下還有很多鹽店，萬曆年統計全國約有一萬一千餘家，這些鹽店是由官府審查後有資格經營食鹽的，廢除開中法後，也是由合作社以三十個銅幣的價格賣給鹽店，規定以不高於六十個銅幣的價格賣給住戶，以補充合作社網點的不足。
這樣農業合作社在鹽的售賣方面，即是零售商，又是批發商，而且只能由他們與鹽場交易，這樣也使得鹽場賣私鹽和貪污的可能性減少到最低。
這時的鹽場大多都是由朝廷經營的，朱由校下令，除了象長蘆鹽場這樣的大鹽場外，一般的小鹽場都發賣給鹽商經營。只是規定鹽場只能賣給合作社，其它途徑賣出一粒鹽，則收回鹽場，沒收所得並照鹽場發賣價的十倍罰款。
而鹽稅則全部由農業合作社來繳納，一斤鹽的稅款是兩個銅幣，這看起來不多，可按一年全國人用鹽十斤（實際上吃不了這麼多，這裡把醃製用鹽也算上），大明約一億人一年的鹽稅將達到四百萬塊錢，萬曆年間，鹽稅最高也不過一百萬兩銀（兩百萬塊錢）。
而且鹽稅現在只有兩個銅幣，是因爲朱由校想先把農業合作社鋪開，需要大量的資金才定得這麼低的，他計劃在三年內將鹽稅提高到五到六個銅幣，那麼到時僅鹽稅就高達一千多萬塊錢了。
農業合作社的貸款利率是一月三分（百分之三），這在後世算是很高的了，但與這個時代的高利貸比起來，簡直只能算是做慈善。
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