萩城，背靠指月山，別稱指月城，長州藩的藩廳，梯郭式平城、山城。
四月初，鄭芝虎便開始在小倉城故佈疑陣，做出要強渡馬關海峽的樣子，到初十，鄭芝虎更是率領三萬大軍在小倉城完成了集結。這一切似乎都表明九州軍真的要從馬關海峽渡海進攻本州。而在同一日鄭芝豹則率領的兩萬先鋒，悄悄地從九州出發，偷襲萩城。
鄭芝虎爲了讓自己“明修棧道，暗度陳倉”之計實施成功，他在初十一下令戰船炮轟下關。而此時長洲藩的大軍已經在向下關靠攏，試圖阻擊鄭芝虎登陸，長州藩的大名毛利秀就也親自趕到了下關前線。
十三日，鄭芝豹率領的兩萬大軍抵達了萩城周圍。此刻萩城也在戒嚴之中，但比起下關等靠近九州的城市，這裡的戒嚴要鬆懈了許多。
十四日，鄭芝豹派出數百人扮成難民之中混入了萩城。下關的戰爭的雖沒有全面爆發，但已經催生出了大量的難民。
九州軍假扮的難民入城之後，都悄悄地在城內潛伏了下來。隨着天色變暗，鄭芝豹率領兩萬大軍也悄悄地在萩城登陸，靜待內應打開城門。
丑時時分，九州軍假扮的難民突然暴起，不到一刻鐘就奪取了城門。一切都來得太突然，而且萩城的守軍本來就有些鬆懈，待九州軍打開城門之後，萩城的守將毛利綱廣才匆匆忙忙趕到，他大聲下令道：“一定將城門搶回來，關閉城門。”
但一切都已經晚了，九州軍如潮水一般從門口衝了進來。隨着衝進來的明軍數量越來越多，萩城守軍的士氣瓦解得也越來越快，一炷香的時間，九州軍不但已經在城門口站穩腳跟，而且控制的區域也在逐漸擴大。
毛利綱廣意識到大勢已去，他率領萩城的守軍退守到了本丸。一晚上的時間，鄭芝虎便佔領了除萩城本丸之外的其他地方。
“毛利綱廣倉促退入本丸，他們攜帶的糧草必定不多，我軍只需死死地將毛利綱廣圍困數日，敵軍必定不戰而降。”生駒高俊建議道。
“如果是在往常的話，這不失爲一條妙計，但現在我軍必須儘快結束在萩城的戰役，不能耽誤太多的時間，否則的話，大軍將無法對毛利秀就完成合圍，一旦被毛利秀就突破重圍，勢必會影響我軍在廣島戰鬥。”鄭芝豹說道。
“如果強攻的話，恐怕會犧牲很大。”生駒高俊說道。
鄭芝豹想了想，說道：“毛利綱廣倉促退入本丸，如果說他們攜帶的糧食不多，那麼火藥必定更少，他們不可能在本丸儲備大量的火藥，我們可先驅趕二之丸的百姓強攻本丸，消耗毛利綱廣。”
“大人，此計甚妙，本丸守軍中肯定有不少人的家屬都住在二之丸，驅趕城內的百姓攻城，不但可以消耗敵軍，更是可以瓦解敵軍的軍心。”生駒高俊高興地說道。
“那攻打本丸之事就交由你來負責。”鄭芝豹說道。
“諾。”生駒高俊說道。
……
一清早，生駒高俊首先帶領大軍將城裡的居民，挨家挨戶地全部驅趕到本丸城下。
“今日如果你們攻下本丸，九州王必有重賞，但如果誰敢後退，立斬！”生駒高俊冷聲說道。
聽到生駒高俊的話，現場的百姓一片譁然，他們沒想到生駒高俊將他們趕到這裡來居然是讓他們來當炮灰的。
“衝鋒！”生駒高俊一聲令下，現場的百姓卻沒有一個衝鋒的。
生駒高俊惱羞成怒地說道：“我數三聲，你們立刻開始衝鋒，否則的話，只有死路一條。”
“三……”
“二……”
“一，開火。”聽到生駒高俊命令，九州軍毫不猶豫地開火射殺了一批百姓。看到九州軍真的開火，現場的百姓不得不那起手裡的武器走向本丸。
“大軍前進！”生駒高俊接下命令道。
九州軍端着明晃晃的刺刀，緊隨着百姓隊伍，驅趕着百姓衝向本丸。
在九州軍的威逼之下，有人怪叫着往前衝，有人哭着步履蹣跚地往前衝，有人則是閉着眼睛往前衝……整個隊伍雖是一羣烏合之衆，但卻給本丸的守軍造成了巨大壓力。
這種攻城的辦法雖然無恥，但卻十分有效，本丸守軍的家屬的確有許多就在二之丸，尤其是低級軍官的家屬比例更高。在這種情況下，生駒高俊趁機對本丸發起了強攻。
鄭芝豹預計攻克本丸最少也要兩天，但讓鄭芝豹沒想到是，生駒高俊僅僅只用了半天的時間就攻破了萩城的本丸。
攻克萩城之後，鄭芝豹率領大軍一路西下，等毛利秀接到萩城失守的消息的時候，鄭芝豹的大軍已經攻克了三見，逼近了厚保城。一旦鄭芝豹攻下厚保城，毛利秀就就會被困死在下關。毛利秀就現在顧不上下關了，他率領大軍立刻趕往厚保。
而鄭芝虎僅僅比毛利秀就晚了半天接到了鄭芝豹攻克萩城的消息。鄭芝虎知道鄭芝豹攻克了萩城，就意味着毛利秀就的後路快要被切斷了，毛利秀就很可能不會再繼續困守下關。
鄭芝虎立刻下令調集大軍強攻下關，果然下關現在就是一座空城，鄭芝虎輕而易舉地就奪取了下關。在奪取下關之後，鄭芝虎來不及修整，就立刻率領大軍前往厚保城，他知道此刻鄭芝豹率領的大軍正在厚保。
而毛利秀就放棄下關之後，他的率領四萬五千人與鄭芝豹率領的一萬五千大軍在厚保城外展開了決戰。
九州軍的火炮雖然大多都是大明淘汰的，但在東瀛卻是難得的利器，鄭芝豹的一萬五千大軍依仗火炮的優勢一時之間與毛利秀就難分上下。
傍晚時分，鄭芝虎的大軍抵達了戰場，整個戰局出現一邊倒的局面，毛利秀就的大軍被九州軍兩面夾擊，迅速崩潰，戰爭一直持續到深夜，最後以毛利秀就四萬五千人全部被殲滅而結束。