朱由校首先只覆蓋了北方的省份，這是考慮到北方省份缺少銀子流通，紙鈔是一個很好的替代品，而且用紙鈔就可以完成以前只能用銀子才完成的事情，例如繳稅。
在後世，有歷史學家認爲，北方缺銀，是引起陝西流民起義不可忽視的重要原因。朱由校的紙鈔可以替代銀子來繳稅，這在北方是很受歡迎的事情，避免了百姓在兌換銀子中被盤剝的風險。而且眼前又有山西成功的案例，這使得紙鈔很快就在北方流通開來。現在在北方，紙鈔和銀元銅元等同時流通。
在十一月，成都都督府也完成了組建，秦良玉出任成都都督府都督，在成都都督府一共有正規軍隊三十萬，分別是十萬山地軍，十萬狼兵，十萬天府軍。孫傳庭留下的兩萬乞活軍被分別安排到三個軍中擔任軍官。在孫傳庭的幫助下，成都都督府也建立軍事學校，用來培養軍官和士兵。
成都都督府成立之後，在得到朱由校的許可之後，秦良玉親率十萬狼兵準備在明年三月出徵貴州的安邦彥，她打算一舉剿滅安邦彥，徹底平定貴州的叛亂。
同月，朱由校又將陝西分割成了陝西承宣布政使司和甘肅承宣布政使司兩個省。
……
林丹汗的使者腦毛大帶着慶王和韓王也已經抵達了京師。
“傳旨，擢左光斗爲大理寺卿，負責審理三王叛亂案。”朱由校下旨道。明代的大理寺只負責審判的複審複覈，在三法司中大理寺的職權和品位都低於刑部和督察院。
“陛下，三王叛亂案事關重大，應由刑部，大理寺，督察院三司會審。”董可威建議道。
“可以由刑部和大理寺共同會審，但大理寺爲主審，而督察院以後不再參與案件審理和判決，如果大理寺的刑事裁決或裁定確有錯誤，督察院可以提起抗訴。”朱由校說道。
在朱由校的新政中十條有一條就是司法改革，而且這條和朝廷六部的改革並沒有放在一起，而是分成了兩條。這兩條新政雖不是急需執行的新政，但是牽扯到整個帝國的行政機構，一直以來反對聲音極大，朱由校也並沒有急着推行這兩條新政。
“陛下，臣以爲司法改革已經是勢在必行了。”周應秋見狀馬上說道。
“陛下，削藩和攤丁入畝剛剛纔開始執行，而前兩條新政也不過才執行一兩年而已，光是消化這四條新政就需要數年乃至十數年的時間，現在整個帝國都在忙於這四條新政，根本無暇顧忌其他，如果操之過急只會適得其反，最後不但達到陛下的期望，甚至還會留下許多的隱患。”郭允厚躬身說道。
“臣附議，臣也以爲新政之事絕不能操之過急，不能將好事變成了壞事。”薛三省也說道。
“今日不討論新政之事，只討論三王叛亂案和林丹汗朝貢之事。”朱由校見狀說道。
“三王叛亂案極其複雜，在沒有結案之前，臣以爲不適宜過多的討論。”來宗道說道。從目前得到消息的來看，三王叛亂案牽扯到了不少的朝中大臣。
“那朕就三王叛亂案定個調子，第一，此案必須一查到底；第二，朕絕不殺牽扯到此案中任何一人；第三，凡牽扯到此案的藩王，除了肅王、慶王、韓王、福王四人之外，其他藩王朕一律不再追究；第四，凡牽扯到此案中的官員，情節輕的，朕允許其辭官歸隱，情節重的，一律流放；第五，流放地朕選在冷洲。”朱由校說道。
“陛下，此去冷洲，如果從京師出發的話，快則一年半，慢則需要兩年，甚至更久，臣以爲流放地放在瓊州便好。”韓爌建議道。
“此次流放冷洲，反而會非常安全，朕已經令王夢熊招募一萬遠征軍，攜帶戰船數十艘一起前去冷洲。此次去冷洲的軍士，朕允許其攜帶家屬，每一人可在冷洲分得田地五十畝。而且此次被流放的官員和藩王，一樣可分得一百畝地，朕還會委派官員，在冷洲正式開州立府，願意去的官員一樣可分得地一百畝。”朱由校解釋道。
“冷洲太過遙遠，就算是開州立府，帝國也難以管理的，對於冷洲，帝國只能是鞭長莫及。”董可威說道。
“就算鞭長莫及，朕也要在冷洲開州立府，以後帝國所有的罪犯只流放冷洲一地。”朱由校說道。
“陛下，被流放到冷洲的人將來回不回來都無關緊要，但遠征軍和朝廷官員他們肯定要回來的，這該如何處置？”韓爌問道。
“遠征軍在冷洲服役五年以上者，朕允許其退役，享受正常的退役士兵安置費，退役之後，不願意回來的就不說了，但如果要回來的，帝國會出錢購買分給他們的土地，當然他們也可以自行出售給其他人，而且帝國會負責將他們接回來。但如果是朝廷官員在冷洲任期滿五年者，一律官升三級，其獲得的土地處理方式同遠征軍士兵一樣。”朱由校解釋道。
看到朱由校說得一套一套的，在場的大臣就知道這件事情朱由校已經是思考了許久的，反對似乎是行不通的了，衆位大臣也都眼觀鼻，鼻觀心，默不作聲。何況朱由校說的這些，裡面是有許多漏洞可以鑽的，例如官升三級，在大明官職可是有散官的，有品階但無實權。
“陛下，林丹汗朝貢之事該當如何處置？”韓爌換個問題問道。
“原西土默特部的地盤必須給朕，朕不但要庫庫和屯城，朕還要重建東勝衛，雲川衛，玉林衛，鎮虜衛。原鄂爾多斯及以西的地盤全部歸林丹汗。”朱由校說道。
“陛下，這恐怕林丹汗不會答應吧。”韓爌說道。