七月初五，洛陽的福王朱常洵宣佈加入反軍，河南頓時大亂。肅王的大軍一路勢如破竹，到七月下旬已經攻佔了半個河南。
然而最早爆發大規模戰爭的是卜失兔與滿桂之間的戰爭。自大明擊敗東土默特部，重建興和所和開平衛之後，西土默特部懾於大明的兵威，再次向朱由校稱臣納貢。
而在朱由校準備推行削藩令之後，肅王朱識鋐就起了反心，他首先暗中聯絡其他的諸位藩王，同時聯絡陝西的各路邊軍。陝西的邊軍軍官對朱由校的軍隊整編方案是非常反感的，而底下士兵又長年缺餉，在軍官的挑唆下，陝西邊軍積極響應了肅王的造反。
肅王朱識鋐在獲得慶王、瑞王以及邊軍的支持之後，他學習朱棣的方法，暗中聯絡蒙古各部，希望從蒙古借兵。而朱由校屢次擊敗蒙古大軍，積極北進，使得蒙古各部也非常反感朱由校。此時肅王許以重諾，他的借兵請求，首先獲得了額璘臣的響應，他出兵兩萬幫助肅王進攻朱由校。
而卜失兔在得到肅王重諾之後，也同意出兵夾擊山西的滿桂。滿桂在晉西南採取了守勢，而且晉西南並不適合大規模騎兵作戰，龍騰軍的一萬龍騎兵也全部留在了大同府。
在得到卜失兔出兵的消息之後，尤其是在虎躍軍擊敗東土默特部之後，陳四和祖大壽都被封爵，滿桂大受刺激，只是滿桂沒有得到朱由校的命令，他不得不一直守在大同。此次卜失兔出兵，滿桂決定放棄守勢主動進攻，要在野外殲滅卜失兔的主力，爲自己正名，爲自己爭取爵位。
卜失兔和滿桂決戰的地點選在原鎮虜衛附近的赤兒山山腳。卜失兔吸取前兩次蒙古人和新軍作戰失敗的經驗，這次並沒有主動發起攻擊，而是準備和滿桂相持。
“大人，卜失兔似乎在等大人率先發起攻擊。”副將麻登雲說道。麻登雲現在是龍騰軍龍騎兵的提督。
“敵軍左右兩翼佔據了地勢之利，不利於我龍騎兵衝鋒，命左右兩翼向前推進，用大炮轟擊敵軍。”滿桂說道。
“大人，只是步兵一動，可就很維持陣型了。”麻登雲說道。
“無妨，如果卜失兔全力出擊，龍騎兵立刻迎上去，本將就是要用騎兵擊潰卜失兔的大軍，徹底熄滅卜失兔的野心。”滿桂吩咐道。
“諾。”
明軍左右兩翼主要由步兵組成，一邊配以兩千龍騎兵。在得到滿桂的命令之後，左右兩翼迅速變更陣型，變成了進攻的陣型，緩慢地向卜失兔的大軍推進。步兵炮的射程遠，威力大，但是受限於運輸，滿桂一共才帶了四門，其餘都是騎兵炮和虎蹲炮。雖然這四門步兵炮並沒有給卜失兔的軍隊造成太大的傷害，但是卻給了卜失兔造成了巨大的心理壓力。
卜失兔看到明軍變換陣型之後，也沒有立刻發起攻擊，但在受到步兵炮的攻擊之後，卜失兔終於忍不住了。西土默特軍的左右兩翼同時迎了上來。
西土默特軍也知道正面攻擊明軍的左右兩翼，是一件費力不討好的事情，他們迅速選擇了從防守薄弱的側面發起攻擊。
“左右兩翼的龍騎兵出擊。”滿桂見到西土默特的攻勢之後，立刻下令道。
明軍的龍騎兵也從步兵的側翼衝了出來，正面迎上西土默特的騎兵。龍騰軍的龍騎兵組建最早，也是新軍中最精銳的一支龍騎兵，其中一半爲蒙古人，一半爲漢人。龍騎兵都是手持馬槍，在射擊完成之後，能迅速換成馬刀。
大明的龍騎兵雖叫龍騎兵，但和歷史上所說的龍騎兵有很大的區別，龍騰軍的龍騎兵更是如此。龍騰軍的龍騎兵已經完成了換裝，軍隊配有一支馬槍，一隻手槍和一把馬刀，身着棉甲和帶有馬刺的馬靴，更類似於後世的驃騎兵。說到底，騎兵這個兵種就是用錢堆出來的。
龍騎兵的馬槍射程比弓箭遠，在距離百八十米遠的距離便可以率先開槍，這個距離不需要精度，完全依靠子彈密度來壓制，瞬間西土默特人衝在最前面的騎兵便人仰馬翻。西土默特人楞了一下之後，迅速開始用弓箭反擊，明軍的棉甲的防禦性能極好，再加上距離，能擋下大部分的弓箭。
兩軍很快就短兵相接了。明軍的騎戰與西土默特人不相上下，但明軍卻有火器的支持，一時間西土默特人被打懵了。左右兩翼的西土默特人騎兵各有五千，在面對明軍的兩千龍騎兵衝擊之下，居然開始有崩潰的跡象。
卜失兔顯然也沒想到明軍的龍騎兵會有這麼厲害，就在他猶豫的瞬間，滿桂的中軍發起了攻擊。卜失兔見勢不妙，毫不猶豫地就選擇了撤退。
整場戰爭只不過打了半天的時間，明軍就以卜失兔主動撤退取得了勝利。卜失兔率領的大軍一直撤到了原玉林衛才停了下來。
滿桂考慮到後勤補給等問題，並沒有展開追擊，而是在原鎮虜衛與玉林衛的卜失兔展開了對峙。
就在朱由校與叛軍的激戰如火如荼的進行的時候，天啓八年七月二十三日，浙江海溢，人畜廬舍漂溺無數，嘉興颶風淫雨，濱海及城郊居民被溺死者不可勝計。紹興大風，海水直入郡城，街市可行舟。山陰、會稽、簫山、上虞、餘姚被溺死者，各以萬計。
朱由校不得不將準備調往戰場糧草一部分用於浙江的救災，慶幸的是國庫的情況現在開始好轉，內閣在不需要動用內帑情況也能完成救災，而且經過這麼多次的救災，在朝廷已經形成了一整套完整的程序，使得救災這樣的事情，現在無須朱由校操心，內閣已經能完全應付自如。
這場災害是今年最大的一場災害，人員死傷數以萬計，財產損失更是不計其數，更有讓無數的人無家可歸。鄧玉函主動請纓參加了吳有性的救援防疫醫療小隊，他受到吳有性的影響，現在對瘟疫研究有了很大的興趣。