天啓二年（1622年）八月，孫承宗以內閣大臣的身份赴遼督師，天啓對他寄予厚望，賜予尚方寶劍，並派閣臣送他到崇文門外。
正如我們前面所說，經營進攻要比經營防守困難的多，需要真的軍事才能和巨大的勇氣，未經實戰的文官是很難勝任經營進攻的任務的，他們大多隻能經營防守，孫承宗也不例外。
孫承宗到遼東以後，提出“守關外以捍關內、先固守以圖恢復”的工作方針。這個方針聽起來很漂亮，其實不過是虛文，真正有意義的就是“固守”這兩個字。
如何固守，當然是修築城堡。
但是在施工之前還有一件事情要做，就是要把盤據在關外的蒙古部落趕走。廣寧大敗後，蒙古哈喇慎部乘虛而入，佔據關外，並賴着不走，號稱協防，實際上就是想敲詐明朝一把。後來孫承宗派袁宗煥前往哈喇慎部散了點錢財，蒙古人才怏怏離去。
蒙古人走了以後，孫老師搖身一變，成了孫總工程師，在關外大興土木，掀起了建設**。
建設的重點就是所謂的“關寧防線”，“關”指的是山海關，“寧”的得是寧遠。“關寧防線”指的是從山海關到寧遠之間的一系列城堡。重點是寧遠城。
天啓三年九月，寧遠城正式開工建設。
孫承宗上任後，重新進行工作分工，僉事袁崇煥的分工是“建造營舍”。
袁崇煥主守寧遠，又負責工程，這樣，修建寧遠城的責任就落到了袁崇煥的身上，不過袁崇煥只是監工，具體幹活的包工頭是遊擊祖大壽。
廣寧戰役中祖大壽率軍避守覺華島嶼，犯了死罪，孫承宗督師後，提出“以遼人守遼土，以遼土養遼人”的用人方略，祖大壽世居寧遠，不僅是遼人，而且是“土著”，非常符合孫承宗的用人方略，因此，孫承宗免其不死，先是讓他輔佐金冠守覺華島，後來又讓他來建設自己的家鄉寧遠。
正是在修建寧遠城的過程中，袁崇煥與祖大壽結下了深厚的革命友誼。
工程初期祖大壽覺悟不高，認識不到位。他認爲朝廷不會長期堅守寧遠，在施工時比較了草。袁崇煥打算親自駐守寧遠，寧遠城的質量關係到他的身家性命，因此對工程的認識要比祖大壽高得多。
他批評了祖大壽，幫助他提高認識，樹立質量就是生命的觀念，並親自量化指標，規定寧遠城“牆高三丈二尺，雉高六遲，址廣三丈，上二丈四尺”的標準，要求祖大壽務必按時保質完成任務。
一年以後，一座雄偉的寧遠城拔地而起，成爲明朝在關外的一座重鎮。孫承宗讓袁崇煥和驍將滿桂共同駐守。
在修建寧遠的同時，孫承宗在山海關到寧遠之間還修建了中前所、前屯衛、中後所等城堡。
遼東的工地上，灰塵滾滾。衙門裡的烏煙瘴氣一點也不比工地上小。
孫承宗不僅善於搞建設，在人事鬥爭上也是一把好手。
在進行硬件（城堡）建設的同時，孫承宗對於軟件（幹部隊伍）的建設也抓得非常緊。
薊遼總督王象亁與王在晉交好，在對待蒙古人的問題上與孫承宗產生了矛盾，被迫離職。孫承宗以統一事權爲名，建議不再推任薊遼總督，被批示同意。
遼東巡撫閻鳴泰本是孫承宗推薦的，但後來二人對許多問題意見不一，漸漸地不和諧起來，在孫承宗要求下，朝廷將閻鳴泰罷免，代之以張鳳翼。
然而張鳳翼還不如閻鳴泰，他整個一個王在晉第二，他主張守山海關，反對出鎮關外。孫承宗剛趕走了閻鳴泰，一時不方便再驅逐張鳳翼，就請求皇上讓張鳳翼出鎮寧遠。
張鳳翼本來就反對出鎮關外，孫承宗偏要讓他上前線駐守寧遠，這擺明了是擠兌他。張風翼氣不打一處來。
張鳳翼對孫承宗無可奈何，就將矛頭指向了他的心腹主將馬世龍，阻擾孫承宗出關的政策。他指使廣寧道僉事萬有孚並通過給事中解學龍等人彈劾馬世龍。
不久萬有孚遭到薊撫嶽和聲彈劾，張鳳翼懷疑是馬世龍、袁崇煥等人指使。
孫承宗也出面爲馬世龍辯護，指責萬有孚構陷馬世龍，萬有孚很快就被罷免。
就這樣，官員們結成兩派，互相攻擊，官司打得不可開交，比當年的“經撫之爭”還要熱鬧，可憐的天啓每天都是一腦門子官司，幾乎成了最高法院院長。
孫承宗作爲遼東地區的最高長官，又深得皇帝信任，因此，他幾乎打贏了每一場官司，因此他的主張也得到了貫徹落實。
寧遠建成後，孫承宗決定更進一步，向東挺進。天啓五年，他派兵進據錦州、松山、杏山、右屯等地，最遠推進到大、小淩河。
從山海關到寧遠有200裡，從寧遠到右屯又200裡，這樣孫承宗就“光復”了400裡國土，並建成了以寧遠爲中心的所謂關寧錦防線。
不過這些城堡都處在河西地區，努爾哈赤對河西地區一點都不感興趣。
早在廣寧戰役後，他就己經把河西吞到肚裡，後來覺得消化不良，有點漲肚，就又吐了出來。
因此，孫承宗到目前爲此，還未收復河東寸土。他就是給河西地區罩上一個鐵蓋，對於努爾哈赤來講，也是不痛不癢。
天啓的志向是要收復河東，這是一個極限。這是努爾哈赤忍受的極限，也是明朝大臣們能力的極限。
這個極限的後面，不僅有兇悍的八旗兵，還有比八旗兵更可怕的衆多奸細。
因此，河東地區是考驗明朝官兵能力的試金石。
孫承宗不斷把防線向東推進，他離河東越來越近，離失敗也就越來越近，很快孫承宗就會對自己的戰略和能力有一個新認識。
天啓五年九月，孫承宗派馬世龍率軍進攻河東，馬世龍遣前鋒副將魯之甲、參將李承先率小股部隊，從娘娘宮渡口過河，夜襲後金耀州，大敗於柳河，魯、李二將戰死，死亡士卒400人。
言官們紛紛彈劾馬世龍，連及孫承宗。天啓下旨“切責”馬世龍，但並未給予任何處分，只是讓他戴罪立功。
孫承宗先是進行辯護，最後又告老還鄉。
孫承宗的時代結束了。
對於孫承宗的離任，許多人認爲是閹黨排擠的結果。的確，孫承宗有東林色彩，他離任前閹黨正大力排擠東林黨人，他的離去，與當時的形勢有關。
但是，孫承宗離去是辭職，而不是被罷免，天啓也並沒有對他失去信任，他的黨派色彩並不濃厚，他離去的時機，也是明軍與後金發生接觸的時候。
因此，他的離去恐怕與他在遼東的戰略遇到了困難有關，他把戰線推進到了努爾哈赤的眼皮底下，處於一種進退兩難的境地。再前進一步，就是慘敗，柳河之敗己爲他敲響了警鐘。而此時東林黨失勢，他在朝中失去奧援，如果戰敗，沒有人站出來替他說話，提供保護。
在這種雙重壓力下，告老還鄉無疑是一個最明智的選擇。於是，孫承宗來了一個華麗的轉身，完美謝幕。
孫承宗此前已屢加左柱國、少師、太子太師、中極殿大學士等稱號，這次辭職又加特進光祿大夫，蔭子中書舍人，賜蟒服、銀幣，並享受行人護歸的待遇，極其尊榮。
狡猾的孫承宗力排衆議，以高姿態選擇了一個高難度的“出鎮關外”的難題，在花了國家大量的錢財，把所有長臉的事情都做完了，爲自己掙了個盆滿鉢滿。在最後關頭，在極限面前，又來了個金蟬脫殼，使自己成功地躲過了身敗名裂的下場，併爲自己贏來掌聲一片，而把難題和風險留給了繼任者。
此外，孫承宗在遼東四年，致力於防守，把有限的人力物力投入到修築城堡上，並沒有投入到部隊的建設上，沒有打造出一支強大的軍隊，因此明朝也就永久地失去了與後金決戰的機會。
他所留下的所謂“關寧錦”防線，貌似強大，實際上是標準的“馬其諾防線”，因爲後金缺乏攻打的興趣而存在了一段時間。
這個防線的存在，就像一個巨大的陷井，使明朝對關外慾罷不能，不僅需要巨大的維護費用，而且使明與後金不時發生戰爭，始終拖累明朝，最終將明朝拖垮。
孫承宗走了，走得很瀟灑。
給明朝留下了一個巨大的陰影，和一個既不能攻，又不能守的平沙落雁似的難看的防守姿勢。