東林黨人是從在野起家的，罷免東林黨人並不能阻止其活動，只要留有星星之火，早晚還會燃起烈焰。在天啓的支持下，魏忠賢等人決定將東林黨趕盡殺絕，並從肉體上消滅其骨幹分子。
錦衣衛和詔獄，直接受命於皇帝，可以不經過司法程序對大臣進行抓捕和審訊，讓東林黨人在用刑過程中“意外”死亡，是從肉體上消滅東林黨的快捷方式。
這次，魏忠賢仍將突破口選擇在汪文言身上，因爲他身上的污點最多（而且他認識的人最多，瞭解的事也最多），製造了六君子之獄。
天啓五年（1625年）三月，汪文言被捕入詔獄北鎮撫司，掌北鎮撫司事指揮是魏忠賢的爪牙許顯純，許顯純貫徹落實魏忠賢指示，對汪文言進行刑訊逼供，讓他供出東林黨人收受楊鎬、熊廷弼賄賂的情節。
楊鎬和熊廷弼分別於萬曆四十七年和天啓二年在遼東慘敗於後金，被捕入獄，傳聞二人爲了保命，託人打通關節，求助於東林黨人。
腐敗的事情一般都極隱密，明代也沒有錄音、錄像等取證手段，楊漣等人是否收受賄賂撈人，己很難考證，不過對於獄卒出身的汪文言來說，這活是老本行，輕車熟路，此罪名不似空穴來風。
不過此時楊漣等人是否有罪己經不重要了，魏忠賢欲以此爲藉口誅殺他們，他們己有死無生。
五月初，汪文言在監禁中被折磨至死，魏忠賢拿着據說是僞造的汪文言供詞將楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章六人逮捕下獄，同時將趙星南、鄧渼、毛士龍、王之寀等十五人削籍並追贓。
六月二十八日，六人先後到位，閹黨開始對他們施以各種酷刑。
左光斗分析了閹黨的意圖，認爲閹黨可能會在刑訊逼供中打死他們，或是暗害於獄中，然後對外宣稱是病死，掩人耳目。
他們認爲，好漢不吃眼前虧，不如及早承認罪行，這樣可以移送司法部門，走正常程序審理，那樣就可以保住一條命，將來還有東山再起的機會。
於是，楊漣等六人很快招供。
然而狡猾的魏忠賢並沒有中計，逮捕他們時，就沒打算讓他們活着出來，拿到供詞後，魏忠賢以追贓完以後再送刑部審判爲由，命人繼續對他們用刑。
史料記載：楊漣受刑最多，五日一審。許顯純令將他頭面亂打，齒頰盡脫；鋼針作刷，遍體掃爛如絲；以銅錘擊胸，肋骨寸斷；最後用土囊壓身、鐵釘貫耳而死。屍體被領出時，竟已全部潰爛，慘不忍睹，等到收殮時，僅得破碎血衣數片，殘骨數根。
左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞也都相繼在七、八月份被虐殺，只留顧大章一個活口，以便移交刑部定罪，向社會交待。
刑部按照魏忠賢的意思，將六人判處死刑，並將六人罪行詔告天下，顧大章在刑部走完程序後，魏忠賢急於滅口，要求將顧大章移交回詔獄，顧大章哪裡還肯回去受罪，於九月中旬自殺身亡。
楊漣等人死後，魏忠賢令人用利刀將他們的喉骨剔削出來，各自密封在一個小盒內，直接送給魏忠賢親驗示信。面對喉骨，魏忠賢得意洋洋道：諸公別來無恙，還能上書否？
天啓六年1626年）二月，魏忠賢又製造了七君子之獄，將東林黨人高攀龍、周宗建、繆昌期、李應昇、周順昌、黃尊素和周起元害死。
事件起因和黃尊素有關。黃尊素在汪文言上次入獄時曾經營救過他，也曾跟風楊漣彈劾過魏忠賢，後被削籍回家。
黃尊素回到家中以後，與非忠賢黨的蘇杭織造太監李實交往甚密，於是有傳言說黃尊素要仿造楊一清用張永誅劉瑾的故事，用李實殺魏忠賢，魏忠賢得知後命心腹太監李永貞以李實的名義起草了一個奏疏，彈劾黃尊素等六人。
罪名與周起元有關。周起元曾任蘇鬆十府巡撫，李實告他任巡撫期間，貪污十萬公款，用於東林黨人的活動中。
奏疏一上，立刻得到天啓批示，着錦衣衛“扭解來京究問”。
三月，高攀龍聞迅後投水自殺。
逮捕周順昌和黃尊素的緹騎在蘇州遭遇了民衆的民變（後有五人因此被處死，魏忠賢倒臺後被合葬於虎丘旁，時人留有名篇《五人墓碑記》），事後周順昌和黃尊素自投詔獄。常州也發生了保護李應昇的民變。
從四月到九月，六人先後都慘死於獄中。
據統計，自天啓四年十月至天啓七年八月，東林黨人被殺於獄中的有十多人，被髮配充軍的有幾十人，被削奪的有三百餘人，其它革職降級的不可勝數，東林黨人遭到毀滅性打擊。