青幫時值清雍正年間，因清朝立國之初履履征戰，再加上阿哥們之間的皇位爭奪戰爭，待傳位雍正皇朝時國庫便已空虛，南北貧富差距立現，歷代史中，凡民飢則國必亂，雍正皇帝深明此理，將問題綜整入理並召來衆國策大臣相商對應之道，從吏治大加整頓清查虧空，將以往鑄銀所餘耗損由地方運用之稅賦，全部歸公管理，史稱火耗歸公，再繼而取消人頭稅而改行攤丁入地，擴大墾田面積，首重農務，爲養清廉官吏之風，創設軍機處，並革除滿清旗主制度，將西南區少數民族的土司削除，改土歸流。
雍正是個以農務爲先的皇帝，在史上記載，他同時也是個嚴苛至極的皇帝，大興農務以降，自必然得大設天下糧倉，暢通糧運之道，綜觀中華大地，南米北麥，雍正厲行改革前的運輸管道，以走旱路爲主，中華大地地大物博，旱路行走着實不易且風險居多，於是在雍正年間，大出皇榜由欽差田文鏡招民興辦水路糧運。
當時，杭州有三位異姓昆仲好友揭皇榜願受此任，並結爲異姓兄弟。這三位依年歲長幼而分，長者姓翁單名巖，字福明，道號德慧，江蘇常熟人，原籍山東東昌府聊城縣鼓樓街，秀才出身，後棄文習武，在河南少林寺習藝，雍正二年加入天地會；次者姓錢單名堅，字福齋，道號德正，原籍山東東昌府聊城縣，遷居河南，經商，雍正二年隨翁祖加入天地會；最年幼者姓潘單名清，字宣亭，道號德林，浙江杭州武林門外啞叭橋人（有的野史將三人寫爲翁麟、錢保、潘安）。此三位清幫的祖師爺，均因受教於羅祖教下，此外，長房翁祖出自少林，且羅祖教下本源自禪門，爲追本溯源，因此清幫同時也供奉禪門達摩祖師至六祖惠能，傳道亦傳禪以宗教立幫。三位清門祖師於雍正四年揭下皇榜，創立糧運之道，水路運糧主要是以通州至杭州這段航程，建設了七十二個半碼頭，設立一百二十八幫半，而其中所謂的半碼頭，指的是專做南北雜貨小買賣用的碼頭。十七世紀時，訓民必先教民，古時候的通識教育並不普及，宗教的力量及勸人爲善的理念，對於約束幫衆行爲，則是最好規律法條，而這半幫指的即是承傳祖訓，修行修身傳教傳道的香火船，此爲蘭山半幫，幫主爲潘房三十六弟子中的頂山門弟子姚玉字清，杭州人士，道號文銓，後代稱爲姚祖。
清幫雖爲翁、錢、潘三位祖師所創，然草創之初，翁、錢二位祖師爺先後仙逝，潘祖獨撐大志，與門下弟子共同訂定家規法則，勸戒幫衆修德論道，將一幫市井船伕，治理的有條有序。滿幫是良才，強調師帶徒的體制，幫中大小以字輩論之，嚴然是個大家族，並設立家廟，凡入幫者，不論何姓，一旦入幫，均爲潘家子孫，因此不僅僅是入幫會，而是入家族，且不論何字班輩，一師皆爲師，一徒皆爲徒，受四方長輩恩下，也使得青幫有別於其他幫派會社，師徒兄弟間感情特別親切。
乾隆三十一年，潘祖於運糧時在鳳林閘下仙逝，由潘祖開山門弟子王降字相陽，浙江杭州西門外人，及關山門弟子蕭玉德，字明新，蘇州府昌門外人，扶柩回杭州武林門外，是爲王祖及簫祖，因此後，清幫對於各師父領下的開山門、關山門弟子均特別敬重。此外，潘祖仙逝之時，有第五代文字輩弟子王培玉，字藍田，道號文功，直隸通州壩人，當時僅進過小香，清幫稱爲一腳門內一腳門外，由衆師兄幫他上大香開法後(清門規矩，師父若過舫(往生)，其門下弟子若未上大香或開法者，可由頂山門弟子主香代師執行，唯不可代師再收徒)，其守墓終日，純誠哀慟不已，飲食不思，數日後隨潘祖仙逝，清幫爲念其護主忠誠，又因其爲糟船舵工，在職上他系全船安危於一身，故封其爲護法小爺，於香堂門傍供奉，永做記念。清門中爲記念這些祖師，則稱爲三老四少，三老分爲前後三老，前三老指的是金、羅、陸祖，後三老爲翁、錢、潘祖。四少即爲：朱、劉、黃、石，四個講道庵室所出學生，分別爲翁祖講道的朱寺庵、錢祖劉寺庵、潘祖黃寺庵、護法小爺石寺庵。四庵代表爲：翁祖弟子黃泉，錢祖弟子石士寶，潘祖弟子蕭玉德，最特別的則爲石寺庵，誠上所述，護法小爺開法不久便已仙逝，哪來的弟子？所以石寺庵弟子其實指的是領幫行運，護祐全幫的總領幫主，或是護祐清幫有功之人，意爲培養忠義護主之風，在潘祖之後，爲文字班宿慶祥領幫，故石室庵弟子以宿慶祥作爲代表。
繼潘祖之後，衆推宿慶祥領幫行運，幫隔數代後，乃至清咸豐四年，太平天國之亂，皇糧遭毀，無法承運糧務，至此後，清幫主要經濟命脈斷絕，後至清光緒十二年，一百二十八幫半，僅餘六大幫頭，而最後這六幫，接續傳承家運，至光緒二十七年民運改爲官運，不再行運江河，昔日千船万旗大江飄的景象，從此之後正式走出歷史，指爲糧船不開，雀杆不點頭，因此後期的清幫弟子，均在陸上行走四方，又稱爲旱碼頭入會。
有人認爲，清幫是洪門的一支派，其實不然，但確有傳說翁、錢二位祖師均乃洪門/天地會會員，且創幫之始，很多成員出身洪門也甚有可能。