整個五月份就在拓荒者們辛勤的勞作中渡過了。過了這個月，從南非方向就再也沒有新的移民船過來了，本年度的東方移民工作正式結束。而等到七月份的時候，前往歐洲的護航船隊也將攜帶另外一批移民（大部分是女奴）和物資返回東岸本土，到了那個時候，官方組織的移民活動纔將正式終止。
而在移民活動進入尾聲的時候，西大荒地區的大豆秋收工作也進入了臨戰狀態。公司租賃的馬拉大豆收割機已經就位，農業工人們也養精蓄銳了好久，就待正式開動。不過，就在這個時候，一場不期而遇的疾病突然爆發了起來。
5月25日，一間住滿了意大利工人的窩棚內突然爆發了衛生部明確記載的十二種東岸常見傳染病之一的猩紅熱。消息傳出後，巡警立刻出動，採取了嚴格的隔離措施：爆發這種疾病的房屋立刻封鎖，由巡警站崗看守，禁止屋內的患病工人與外界居民有任何形式的接觸，直到這些人所患的疾病痊癒或者達到規定的隔離時間爲止。
在此期間內，只有兩座農場唯一的一位醫生可以進出房屋，但醫生也必須遵守嚴格的預防措施，避免將病菌帶出病房。爲此，在農場場部和聞訊緊急騎馬趕來的地區行政公署衛生局工作人員在屋內外準備多套醫用罩袍和簡單的消毒設施。
處於隔離期的工人工資照發，一應食水也都由看守他們的巡警遞送。在隔離期滿後，這間犯病房屋內的一切傢什都將被嚴格消毒。甚至於，在患病的工人隔離期滿走出房屋後，巡警還將奉命將這間房屋全部燒燬——反正也是不值錢的簡易窩棚——以免有什麼病菌再度傳染給別人。
這不是危言聳聽、小題大做，東岸人已經吃過這種虧了——當然是在老定居點。新開拓的土地由於在過去千萬年間都是荒蕪着的，沒人居住的這片土地污染程度相當輕，病菌數量也相對較少。因此，在這些邊陲拓荒點內，疾病大多來自於新移入的居民，就像這次爆發的猩紅熱一樣，疾病很可能來自於瓦倫蒂諾從舊大陸介紹來的意大利工人。這些人在碼頭隔離的時候很顯然沒有顯現出任何症狀，又或者他們是在碼頭時被別人給傳染了，總之灌木農場內原有的不到五百多居民中從未爆發過這種傳染病，這種可怕的傳染病只可能是被別人從外界帶入的。
與新拓荒點相比，本土的老定居點各種傳染病的發病率往往就要高上很多了。東岸共和國的居民們勤勞、堅韌，無所畏懼，惡劣的自然環境和艱辛的工作擊倒不了他們，但看不見摸不着的疾病卻在肆無忌憚地摧殘着他們的意志。這些疾病主要在兒童和老人中流行，如麻疹、天花、猩紅熱和白喉等傳染病，在青壯年中流行的主要是黃熱病，偶爾還會有一些可怕的傷害、痢疾和霍亂。
在去年下半年的時候，北方平安縣曾經爆發了一次可怕的霍亂流行病。最初的傳染源據信來自北方熱拉爾山脈間的葡萄牙人，這位做小商品批發的商人在保安鄉、平安鄉這兩個人口稠密的鄉鎮引發了一場大災難。整整六百人被傳染後隔離，當時整個工業區的生產都受到了一定程度的影響，巡警們緊急出動封鎖隔離的街區，縣民兵大隊被緊急動員起來，其場面不亞於一場小型戰爭。
鄰近縣鄉的醫生、護士也被緊急抽調到平安縣幫忙，剛剛在東岸推廣沒多久的吊瓶輸液技術被應用到了霍亂病的治療之上，但效果總的來說仍然不理想。以前沒吊瓶輸液技術的時候，霍亂病在東岸的死亡率總體維持在75%左右，但是現在有了這項技術，也僅僅是把死亡率堪堪降低到了66%，大量感染了病毒的人相繼死亡，其中包括一些熟練技術工人——這尤其令該縣縣長錢浩感到痛惜。
而就在採取了緊急措施，城區的病情被抑制住以後，霍亂病又在鄉間流行了起來。尤其是那些瓜拉尼僱工們聚居的村落，更是重災區，死亡率幾乎是100%。而更可怕的是，不知道是不信任東岸的醫生，還是害怕東岸軍隊將這些患病村子整個隔離，瓜拉尼人對這種疾病進行了隱瞞。他們偷偷將病死者的屍體草草掩埋到村外，又或者讓一些患病者攜帶一定量的食水獨自前往深山，斷絕與村子的交往，妄圖以這種方式隱瞞疾病爆發的事實，並被動地等待疾病自然消逝掉。
但這樣的草率的對策顯然是極爲不負責任的，疾病非但沒能隱瞞，相反在周圍地區大規模流行了起來。不但對疾病抵抗力弱的瓜拉尼人大量患病並死去，定居在他們附近的東岸居民內也有很多人患病——這是因爲一些患病的瓜拉尼人逃離了村子，然後將疾病帶到外地，不然以東岸鄉間的人口密度，任何一種傳染病都不是那麼容易能夠流行起來的。
事情鬧大以後，北鴨子湖地區行政公署派出巡警火速封鎖各條道路，攔截一切可疑分子並就地隔離。同時，陸軍部下令隔壁的西湖縣民兵大隊抽調兩個中隊前往病情最嚴重的煤河鄉，對確定患病的以及疑似患病的村落都進行了封鎖。其中，東岸人自己的村落由醫生全面進駐排查情況，瓜拉尼村落則被立刻封鎖，若有不從者立刻射殺。
鴨子湖流域三個縣的醫生大部被調集到了煤河鄉，他們穿戴着嚴格消毒的醫用罩袍，前往幾乎已整體死絕的瓜拉尼村落，收殮病死者屍體並進行解剖，以確定他們的死因。與此同時，另外一支隊伍也被派往村外，去尋找瓜拉尼人處理掉的患病者屍體。沒掩埋的立刻掩埋，草草挖好的墳塋也被進行了加固，最後還由專人進行了統一的消毒。
在經歷此事後，東岸衛生部門更是對城鄉居民加大了常見傳染病的科普力度。比如可怕的霍亂病，以前就曾被人當做普通的腸胃病或急腹症，這往往會引起極大的災難。等到病情被確診時，事情往往已經不可收拾了，因此，適當的科普以及醫療應急措施，是對付此類惡性流行病的唯一辦法。小小的東岸積攢人口不易，要是每個月都來這麼幾場大規模流行病的話，那麼這個國家啥也不用幹了，整天咬牙切齒地去和疾病折騰吧。
此次事件還有一個意外的副作用。那就是東岸居民對瓜拉尼人的容忍度大幅降低，他們開始排斥瓜拉尼人進入東岸共和國的領地內定居或尋找工作機會，基層的東岸民兵、巡警甚至普通村民都對瓜拉尼人橫眉冷眼，進行言語侮辱或者人身攻擊，而政府往往對此視而不見。雖然這些瓜拉尼人也是傳染病的受害者，那些患病的瓜拉尼村落甚至全村全村地病死，但失去親人的東岸居民可不會換位思考，他們只需要知道這些瓜拉尼人是“不詳”的，給自己帶來了災難，因此需要驅逐他們。瓜拉尼人的處境，彷彿在一夜之間就大幅度惡化了！
六月初，地區行署衛生局的工作人員在走遍大荒農場、灌木農場後，發現此次猩紅熱沒在其他地方爆發，這讓大家鬆了一口氣。現在這兩座農場內的人口越來越多，其中老人和小孩的數量也增加地很快。麻疹、天花、猩紅熱和白喉之類反覆在東岸發作的流行病雖然對成年人來說不是什麼特別大的麻煩，但一旦在體弱的兒童中大肆流行，很顯然會導致東岸新生兒的大量夭折。近些年來，東岸共和國各縣鄉的嬰幼兒夭折率居高不下，未嘗沒有這些反覆發作、折磨地東岸人********的疾病的一份“功勞”。
在這些可怕的疾病中，除了天花可以依靠牛痘等稍稍抑制（效果其實也不太顯著）一下以外，其餘疾病往往令人束手無策，東岸每年有大量的新生兒無法擺脫各類疾病的折磨而死去。尤其是那些人口相對較多、污染程度相對更嚴重、人口流動相對更頻繁的老定居點，疾病發病率相當高，嬰幼兒大批死亡。
而每當出現發病症狀的時候，巡警們往往如臨大敵，將發病人及其家屬嚴格限制在自己的房屋內，以儘量減少傳染的可能。當然以上也就是他們所能做的極限了，東岸政府對疾病、病菌的研究還很膚淺——他們甚至連一臺高倍率的醫用顯微鏡都沒有，各種針對性藥物的研發也進展緩慢，這些都是導致疾病多發且致死率偏高的原因所在。
好在東岸還是地廣人稀的新大陸地區呢，若是在人煙稠密的舊大陸，一次大規模流行病往往就能讓一個城市元氣大傷。在這個年代的記錄中，死亡人數在幾萬乃至十幾萬的地區流行病（傳播範圍極小，但死亡率很高）比比皆是，東岸每次爆發流行病只有區區幾十最多數百的死亡人數，已經充分說明政府運轉高效，措施應對得力了。
1649年6月20日，西嶺地區行署解除了隔離令，宣告此次猩紅熱未及大規模爆發便被撲滅於萌芽狀態。與此同時，西大荒地區廣泛播種的“先鋒1649”大豆也獲得了大豐收，上到農場經營者、下至普通農業僱工們，全都喜氣洋洋。