在這場對廓爾喀戰爭中，武毅軍在一定程度上是代表了大唐的利益的。對大唐共和國來說，這場戰爭有利於穩定大唐在南亞的地位，同時獲得更佳地與英國殖民地對峙的地位。而現在大唐已經確保了自己的利益，西里古裡走廊等地區，已經被武毅軍控制了，隨後大和兵團又屯駐了進來，進行控制。
那麼在這場戰爭裡，清國又有如何的利益呢？首先就是確保西藏不失，自元朝以來，西藏便是服從於中央政權的地區，與宗藩還完全不同，特別是在清朝，對於蒙藏回等地區，控制力也十分強，所以是不容有失的。另一方面，九年前京師事變之後，這大清國一直都處於一種軍事不自信的狀態中，以廓爾喀試刀有助於恢復自信，同時還能打出大清聲威。
但相對實質性的好處，嘉慶以及他的朝廷實際上都沒有太明確的認識。其實嘉慶本人就想通過這一仗來實現自己的武功，對於國家有什麼真正好處，不在他的考慮範圍內。而這個問題福康安卻考慮過了。如果說讓廓爾喀納貢稱臣的話，現在廓爾喀求和就應該答應了。這樣面子有了，而且不會耗費太多。至少相對不會耗費太多。
但嘉慶已有滅掉廓爾喀的心思，如果繼續出兵，進入廓爾喀境內，消滅廓爾喀沙阿王朝，清軍顯然會有更大的消耗以及損失。更加麻煩的就是，一場滅國戰爭可能激起當地人強烈的反抗。另外要佔據廓爾喀，必然要在當地建立有效的統治，是採用之前新疆的模式，還是效仿內地，都是問題，畢竟清人在廓爾喀幾乎沒有任何影響力。只要部隊一撤走，這裡說不定立馬就要生變，那麼部隊不撤走，在此保留軍隊顯然就需要投入大量的錢糧。
所有這些問題，福康安一想就是非常頭疼，於是他向嘉慶上書，並且暫緩了攻勢，希望嘉慶帝能夠接受一場議和，結束這場戰爭。可是嘉慶的心氣十分的高，他反而斥責了福康安，說武毅軍已經在另一側整裝待發，數萬大清將士枕戈待旦，福康安臨陣狐疑犯了兵家大忌。嘉慶說福康安的考慮他已經知道了，這一仗的目標是將廓爾喀真正打怕，他還堅持認爲廓爾喀經小挫就求和，是緩兵之計，沒有被打服，只有真正打到陽布（加德滿都），給他們造成重創，廓爾喀纔會在心底裡服氣，以後效忠大清。
這個觀點也有一定道理，當然嘉慶是皇上，大清朝的體制歸根到底還是君主制，福康安的傳統思想也使得他不能脫離嘉慶而單獨行事。不過嘉慶的調門已經放低了一些，目的是給廓爾喀重創，這樣一來就好辦了一些。至少大清不必在戰後收拾這樣的一個爛攤子，而且現在福康安也確實擁有比較好的條件，手中兵強馬壯，而且喜馬拉雅山的南麓還有武毅軍在策應配合。
接下來，福康安派嚴廷良先後收復了定結和定日，廓爾喀軍兵力不多，只有數百，面對清軍多面圍攻，只是進行了象徵性地抵抗就撤退了，並沒有像傳說中那樣血戰到底。十月六日，福康安領兵行至宗喀以南的轄布基，進攻擦木山隘（今吉隆縣宗喀鎮南）。是日夜，清軍乘雨分兵五路，福康安居中，哲森保等由東西兩山夾擊廓軍營寨，莫爾根保繞到營後偷襲。初七日黎明之時，清兵攻克擦木山樑上的兩座廓軍石碉樓，斬殺二百餘人。八日，清軍進至瑪噶爾轄爾甲，擊潰由濟嚨前來迎戰的廓軍。斬殺六百四十餘人，俘虜二百餘人。十二日，成德、岱森保等部收復聶拉木以南要隘木薩橋。至此，清軍掃清擦木至濟嚨段邊境。
十三日，福康安率軍由濟嚨啓程，沿吉隆河東岸南下。十四日，清軍過藏廓邊界之擺嗎奈撒，進入廓爾喀境內之熱索瓦，與廓軍隔熱索河對峙。熱索河爲吉隆河支流，其上有木板浮橋，即熱索橋，也是從西藏進入尼泊爾的必經之路。廓兵在熱索河北岸索喇拉山上築碉樓一座，南岸臨河有碉樓兩座，並將熱索橋木板撤去，憑河據守。十五日，清兵佯攻河北岸的廓軍碉樓；另遣金川藏兵翻越兩座高山，繞道至熱索河上游六七裡處，伐木做筏，渡河後沿南岸疾行，突襲臨河碉房。南岸廓兵出卡抵禦之際，北岸的清兵主力搭橋渡河，一舉奪取三座石碉，大獲全勝。
福康安攻入尼泊爾之後，又相繼在協布嚕、東覺山取得了勝利，一時威風無兩，甚至在接到戰報之後，上海的大唐報紙也替福康安唱起了凱歌，認爲福康安用兵果決，能人所不能，方纔取得勝利。只不過在總督府內的白南看到這樣的東西也就是笑一笑罷了，清軍在各方面都存在着絕對的優勢，福康安和清軍將領們在戰爭中又是挖地道、又是火攻、又是翻山奇襲的，基本上都是古代戰爭的套路。福康安雖然這些年來了解了不少新式軍事的理論，但看起來吸收還是有些不良的。
不過白南也不能否認，福康安打得還是沒有問題的，換唐軍作戰，在那樣的環境裡，恐怕也會做一些相同的決斷。福康安的勝利之機在於他的果決和對戰場觸覺的靈敏，使他能夠在反應比較緩慢的廓軍面前佔得先機，處處領先。當然福康安優勢太多的兵力和火力也是非常重要的原因，福康安以火槍兵居中，與廓軍開戰，先是一團攢射，廓軍往往堅持不下來，然後就被福康安的左右兩翼包夾，被迫撤出戰場。擁有如此大的優勢，如果打得不順利纔是問題呢。
而另一頭，武毅軍選擇沿南部平原向西突進，然後在****達擊潰了廓爾喀的守軍，翻過了高山，比福康安更早抵達了陽布周邊。兩天後，福康安的部隊在甲爾古拉山遭遇失利，廓軍將清軍引入山林，然後放火燒山，清軍傷亡數百，並損失了八名營級以上軍官。福康安不願輸給武毅軍和唐人，咬着牙再度挺兵，廓軍這次抵擋不了，最終清軍完成了一南一北對陽布的包夾。
廓爾喀亡國之災近在眼前。