就在衆人開啓雷達監控系統徹查卡歐斯病毒之時，雷韓發現了一絲不同尋常之處，聯繫上了作戰室；哲平收到訊息後告知了陸隊長。
解讀過報告後，作戰室連同作戰人員分爲幾組，對空中基地外側與內部進行着徹查；而小利他們眼見所有人開始忙碌後，也開始暗中調查起來。
小利通過吉爾巴里斯鏈接系統開啓了在系統之中徹查起來，因爲他知道，卡歐斯病毒不僅僅只能控制生物，還能影響機器……
因此，少年特工隊的成員們攜帶着小利給予他們的微型調查儀，配合着坐鎮的小利、偷偷跟在正式隊員後面到處走，同時進行暗中調查。
只是，經過長時間的緊張排查，依舊無法查出卡歐斯病毒的蹤跡，這使得緊張得氣氛在基地中漸漸瀰漫開來，唯有身在總監室的大艾除外……
也就在瞬息間，大艾似乎察覺到了什麼，直徑起身出門朝着能源系統處走去！
此時，隱藏在陰暗處的卡歐斯病毒，原本想趁着工作人員離開之際進入其中之際，從不遠處傳來一道聲音:“哎呀呀，這可不行！既然你現身了，那我們還怎該談談你的去處問題了吧！”
正說着，大艾現出了其身形，使得卡歐斯病毒大吃一驚:“你看得見我？你……你不是地球人！”
大艾卻是笑道:“有些事情，不是你所能夠理解的……你是自己出去，還是我送你出去……”
話音未落，從身後直徑衝來一道機械球、直徑將卡歐斯病毒關入其中；小利慢悠悠得走了上來笑道:“終於抓住了呢！老爸，交給我得了，您先去忙！”
說着，小利直徑出了門來到天台，直徑丟了出去後說道:“你還是別進來了，這裡面可不是你想來就來、想走就走的。”
也就在丟出去的瞬間，機械球瞬間爆破，卡歐斯病毒破球而出，隨即瞬間轉化爲以高斯爲原型的卡歐斯災難，徑直朝着天台中的小利爆射出黑暗光彈與暗黑之輪，決意在摧毀空中基地的同時消滅光之戰士！
只不過，黑暗光彈與暗黑之輪卻是被守護空中基地的光幕完全擋在外面；同時光幕頓時一道反擊光彈直徑將其打散，消失與無形之中。
小利也是準備回去時，大艾冷不丁得問了句:“聽琪琪說，從魔鬼城回來後，你也談了個戀愛了？”
小利頓時說道:“切……我又不是找不到。只是送了個助聽器而已，不至於就直接被定義爲定情物吧？再說了，這都快畢業了，總不能分心呢！”
大艾想想也是，看了看手錶:“也好！等回校時別放鬆警惕，卡歐斯災難應該盯上你了！”說着就回總監室了。
小利點了點頭後，就直徑去找琪琪、小利與陸毅，商量回校事宜，同時檢查該上交的資料與作業論文之類的東西。
然而，就在小利他們正準備登機前往地面之際，每個人均是一愣；原因均是如出一轍，都感應到了被小利弄出空中基地的卡歐斯災難原路返回了……
小利卻是淡淡一笑:“這貨心有不甘呢！你們先去學校等我。”
琪琪、小光與陸毅點了點頭後繼續登機，而小利則是扭頭來到天台，等候着卡歐斯災難的來臨。
就在卡歐斯災難出現的一瞬間，小利頓時啓動變身程序化作冠冥迎擊而上；只不過雙方面對之際，冠里斯直徑指了指太空，示意換個地方解決。
卡歐斯災難一聲冷笑過後，徑直跟着冠冥朝着月球衝去；就在作戰室準備緊急出動準備支援冠冥之際，總監室大艾卻是先行接通進來:“去月球時小心點，幫我帶點東西回來！這東西是對抗卡歐斯病毒最有效的東西……”
飛出大氣層後，美琪調出了大艾所說的東西道:“蘇阿古礦石，一種唯一能夠釋放出比高斯奧特曼日蝕形態的必殺技——克茲繆姆光線還要強悍的光波，據說只有月球纔有這種物質的存在；同時還有一個報告則是:在高斯與卡歐斯災難最終對決時，礦石被卡歐斯給摧毀了，況且現在月球上……”
說到這，每個人都明白怎麼回事，只是現在也只能夠前往月球一探究竟了！
正當作戰室隊員抵達位於月球的戰場之後，冠冥已與卡歐斯災難的戰鬥也一觸即發；當卡歐斯災難全力進攻之際，冠里斯隨即轉化成吉爾巴里斯終極形態，同時懟了回去！
藉助冠冥糾纏住卡歐斯災難之際，作戰室成員開始了緊鑼密鼓的作業，開始採集蘇阿古礦石；在收集完畢的同時分出大艾所需之量後，周龍與哲平查看之後彙報到陸中天處。
接受到礦石後，一行人開始分解與轉化，加入到準備的導彈之中，準備隨時進行打擊敵人！
也就在和平號緩緩接近戰區之際，冠冥已然開啓自身所有炮門，爆發出吉爾巴里斯的必殺技——巴里斯迪阿爾菲，朝着卡歐斯災難襲去！
卡歐斯災難頓時冷笑不止:“我倒是想試試吉爾巴里斯的力量！這正好來了呢！讓我看看你的實力！”隨即做出反擊陣勢！
與此同時，陸中天等人頓時憑藉着冠冥的絕招，發射出導彈，也就在卡歐斯災難抵禦着冠里斯之絕招之際，一擊即中其弱點——彩色計時器！
瞬息之間，卡歐斯災難體內的細胞瞬間被摧毀，同時在冠里斯及時補刀之下，卡歐斯災難被徹底消滅於無形之中……
地球中，冠冥化爲小利而回到了琪琪她們邊上，繼續準備着畢業論文；而陸中天他們也駕駛着和平號返回到基地當中。
就在此時，一處虛無之境中，看着炫光鏡面中的卡歐斯災難被打到的瞬間，坐在正中間的暗黑身影瞬間怒火中燒，直接將手中岩石徹底摧毀！
也就在屏幕熄滅之際，兩道身影出現與其身後:“沙福林，你在叫我們嗎？”
沙福林:“卡歐斯的力量不能再使用了……你們去會會他們吧……雖然那時諾亞還未覺醒，不過對於能夠壓制他的你們來說……這應該是輕而易舉的事情吧？”
話畢，兩道黑色身軀消失在黑暗之中……